Accoppiamento di RNA e DNA più accurato per i test del cancro ereditario / Pairing RNA and DNA More Accurate for Hereditary Cancer Testing

Accoppiamento di RNA e DNA più accurato per i test del cancro ereditario / Pairing RNA and DNA More Accurate for Hereditary Cancer Testing

Segnalato dal Dott. Giuseppe Cotellessa / Reported by Dr. Giuseppe Cotellessa

Ambry Genetics ha annunciato i risultati di uno studio su larga scala che ha mostrato che i test genetici accoppiati di RNA e DNA hanno rilevato varianti patogene elusive in 1 su 950 pazienti che non erano stati rilevati dal solo test del DNA. I risultati sono stati pubblicati su Genomic Medicine.

I ricercatori affermano che il test simultaneo di RNA e DNA aiuta a identificare più pazienti a rischio determinando se un risultato incerto del test del DNA è normale o causa una malattia ed amplia la gamma di test genetici per identificare le mutazioni che il test del solo DNA non rileva.

"Con il nostro test +RNAinsight siamo stati la prima azienda ad offrire in anticipo il sequenziamento accoppiato di DNA e RNA per fornire ai medici ed ai loro pazienti le informazioni più accurate e complete sul rischio di cancro", ha affermato Tom Schoenherr, CEO di Ambry Genetics. "Questo studio conferma che condurre insieme i test dell'RNA e del DNA è fondamentale per aiutare ad identificare le persone ad alto rischio che sarebbero state perse dal test del solo DNA".

Secondo la National Library of Medicine, ad agosto 2017 c'erano circa 75.000 test genetici sul mercato, che rappresentano 10.000 tipi di test unici. Molti di questi test del solo DNA escludono grandi porzioni di DNA come gli introni, una sequenza di DNA giuntata prima che una molecola di RNA venga tradotta in una proteina. Oltre a omettere grandi porzioni di introni, il test del solo DNA manca del contesto funzionale per determinare se una variante aumenta il rischio di cancro, il che può portare a risultati inconcludenti. Queste limitazioni possono impedire ai pazienti ed alle loro famiglie di ottenere risultati accurati per informare le loro cure preventive o terapeutiche.

In precedenza, le prove pubblicate del valore del sequenziamento dell'RNA sono state limitate da studi con campioni di piccole dimensioni e coorti arricchite. Questo studio di Ambry è il più ampio per esaminare l'impatto dell'analisi accoppiata del DNA e dell'RNA nei test del cancro ereditario.

In questo studio, sono stati esaminati i test di 43.524 pazienti sottoposti a test genetici accoppiati DNA-RNA utilizzando +RNAinsight di Ambry da marzo 2019 ad aprile 2020 per determinare se il sequenziamento accoppiato ha rilevato più varianti patogene rispetto al solo test del DNA.

L'analisi ha identificato pazienti che presentavano alterazioni che causavano malattie che il solo test del DNA avrebbe interpretato erroneamente. L'esame dei dati sull'RNA ha risolto i risultati delle varianti in 549 pazienti (1 su 79 pazienti) fornendo i dati funzionali richiesti per un'interpretazione più accurata delle varianti di splicing. Inoltre, l'analisi ha mostrato che 1 paziente su 950 aveva una variante intronica profonda patogena che non sarebbe apparsa nel solo test del DNA.

I risultati dello studio potrebbero sottostimare l'impatto clinico totale perché alcune delle famiglie dei pazienti che ora sono eleggibili per i test genetici non sono state testate.

"Questo è il più grande studio nel suo genere per dimostrare l'importanza del test dell'RNA nella previsione del rischio di cancro", ha affermato Carrie Horton, specialista senior della ricerca clinica in oncologia e primo autore dello studio. "È chiaro che l'analisi dell'RNA ha il potenziale per diventare una pratica standard per i test genetici per migliorare la cura del cancro ereditario.".

+RNAinsight di Ambry è stato il primo test a fornire una copertura genica completa per l'analisi dell'RNA per aiutare a classificare e rilevare le varianti del DNA associate ad una varietà di tumori tra cui seno, ovaio, prostata, colon, pancreas e uterino. La società afferma che +RNAinsight consente un'identificazione più accurata dei pazienti con maggiori rischi genetici per il cancro, trova risultati attuabili che potrebbero altrimenti essere persi e riduce la frequenza dei risultati inconcludenti.

ENGLISH

Ambry Genetics has announced findings from a large-scale study that showed paired RNA and DNA genetic testing detected elusive pathogenic variants in 1 of every 950 patients that were missed by DNA testing alone. The findings, were published in Genomic Medicine.

The researchers say that concurrent RNA and DNA testing helps identify more patients at risk by determining if an uncertain result from DNA testing is normal or disease-causing, and expands the range of genetic testing to identify mutations that DNA-only testing misses.

“With our +RNAinsight test we were the first company to offer upfront paired DNA and RNA sequencing to give clinicians and their patients the most accurate and comprehensive information about their cancer risk,” said Tom Schoenherr, CEO, Ambry Genetics. “This study confirms that conducting RNA and DNA testing together is critical to help identify high-risk individuals who would have been missed by DNA-only testing.”

According to the National Library of Medicine, as of August 2017, there were approximately 75,000 genetic tests on the market, representing 10,000 unique test types. Many of these DNA-only tests exclude large portions of DNA such as introns, a sequence of DNA spliced out before an RNA molecule is translated into a protein. In addition to omitting large portions of introns, DNA-only testing lacks the functional context to determine whether a variant increases cancer risk, which can lead to inconclusive results. These limitations may prevent patients and their families from getting accurate results to inform their preventative or therapeutic care.

Previously, published evidence of the value of RNA sequencing has been limited by studies with small sample sizes and enriched cohorts. This study by Ambry is the largest to examine the impact of paired DNA and RNA analysis in hereditary cancer testing.

In this study, tests from 43,524 patients who underwent paired DNA-RNA genetic testing using Ambry’s +RNAinsight from March 2019 through April 2020 were examined to determine if the paired sequencing detected more pathogenic variants than DNA testing alone.

The analysis identified patients who had disease-causing alterations that DNA testing alone would have misinterpreted. Examining the RNA data resolved variant findings in 549 patients (1 in 79 patients) by providing the required functional data for more accurate interpretation of splicing variants. In addition, the analysis showed that 1 of every 950 patients had a pathogenic deep intronic variant that would not have appeared in DNA testing alone.

The results from the study may underestimate the total clinical impact because some of the patients’ families who are now eligible for genetic testing were not tested.

“This is the largest study of its kind to show the importance of RNA testing in predicting cancer risk,” said Carrie Horton, senior clinical research specialist for oncology and first author of the study. “It’s clear that RNA analysis has the potential to become a standard practice for genetic testing to improve hereditary cancer care.”.

Ambry’s +RNAinsight was the first test to provide comprehensive gene coverage for RNA analysis to help classify and detect DNA variants associated with a variety of cancers including breast, ovarian, prostate, colon, pancreatic and uterine. The company says +RNAinsight enables more accurate identification of patients with increased genetic risks for cancer, finds actionable results that may otherwise be missed and, decreases the frequency of inconclusive results.

Da:

https://www.insideprecisionmedicine.com/topics/molecular-dx-topic/pairing-rna-and-dna-more-accurate-for-hereditary-cancer-testing/