THE FUTURE OF QA/QC IN METABOLOMICS: NOTES FROM REGULATORY TOXICOLOGY / IL FUTURO DEL QA/QC IN METABOLOMICA: NOTE SULLA NORMATIVA DALLA TOSSICOLOGIA
THE FUTURE OF QA/QC IN METABOLOMICS: NOTES FROM REGULATORY TOXICOLOGY / IL FUTURO DEL QA/QC IN METABOLOMICA: NOTE SULLA NORMATIVA DALLA TOSSICOLOGIA
Segnalato dal Dott. Giuseppe Cotellessa / Reported by Dr. Giuseppe Cotellessa
Experts in the metabolomics and lipidomics communities believe that clear quality assurance and quality control (QA/QC) guidelines are necessary.
In 2007, the Metabolomics Standards Initiative published a series of papers outlining a set of standards and guidelines.
Now, many agree that researchers should update these standards, develop more rigorous guidelines, and take steps to improve their adoption within the community.2,3 Groups involved in this process include the Metabolomics Society, the Metabolomics Quality Assurance and Quality Control Consortium (mQACC), the Lipidomics Standards Initiative, and the Metabolomics Standards Initiative in Toxicology (MERIT).
“One improvement that we need is an absolutely clear definition of what good practices in QA/QC are,” said Mark Viant, co-chair of MERIT and professor of metabolomics at the University of Birmingham, UK.
“New people moving into the field might say,
‘Where are the clearly defined guidance documents and descriptions of how we should actually conduct rigorous QA/QC?’”
A document that clearly describes best practices would guide both those new to metabolomics and lipidomics and established researchers.
Compliance with QA/QC best practices must increase across all laboratory types to enhance study quality; however, research groups have different incentives to comply with QA/QC guidelines.
Those who focus on innovation move quickly from publication to publication and may have less time to replicate their efforts, while those in the regulatory arena already have structured protocols and reporting standards.
“One of the challenges is, how do you actually bring the community forward as a whole?
How do you encourage them?
How do you incentivize them to use QA/ QC and bring it into their experiments?” asked Viant.
Viant believes that regulatory scientists must participate in the effort to build metabolomics and lipidomics QA/QC guidelines, and a collaboration between mQACC and MERIT bridges the gap between regulatory science and biomedical research.
The MERIT project brings together experts from industry, government agencies, regulatory organizations, and academia to develop guidelines for regulatory toxicology.
“We’re trying to bring metabolomics and other molecular diagnostics into the chemical safety arena.
People have been working in this space for 20 years, but we’re trying to move it towards regulatory science, which actually means it would have to stand up in a court of law,” said Viant.
The MERIT project works to develop metabolomics reporting guidelines for regulatory toxicology with the Organisation for Economic Cooperation and Development (OECD).
Viant hopes that improvements in the regulatory field will trickle down to the wider community.
“As the regulatory end gets better defined, hopefully that information can be fed back and made available to the community.
Then the less-regulated community needs to be made aware of that and encouraged to take up and draw on some of that best practice.”
Finally, QA/QC measures will improve with more metabolite and lipid standards.
“We don’t have the assays to identify extremely large numbers of metabolites or to quantify large numbers of metabolites.
If we were looking into the future, we would certainly have improved assays for both of those,” said Viant.
“We don’t even have metabolite standards for tens of thousands of metabolites and lipids. There will need to be a concerted effort by chemical supply companies to attempt to synthesize at least some of the critical missing metabolites.”
Prioritizing the production of analytes that are essential to certain fields, such as toxicology, biotechnology, or clinical medicine, could be the answer to addressing this large challenge.
ITALIANO
"Una delle sfide è: come si fa a portare avanti la comunità nel suo insieme? Come li incoraggi?” –Mark Viant, Università di Birmingham, Regno Unito
Gli esperti nelle comunità di metabolomica e lipidomica ritengono che siano necessarie linee guida chiare per la garanzia della qualità e il controllo della qualità (QA/QC).
Nel 2007, la Metabolomics Standards Initiative ha pubblicato una serie di documenti che delineano una serie di standard e linee guida.
Ora, molti concordano sul fatto che i ricercatori dovrebbero aggiornare questi standard, sviluppare linee guida più rigorose e adottare misure per migliorarne l'adozione all'interno della comunità. I gruppi coinvolti in questo processo includono la Metabolomics Society, il Metabolomics Quality Assurance and Quality Control Consortium (mQACC ), la Lipidomics Standards Initiative e la Metabolomics Standards Initiative in Toxicology (MERIT).
"Un miglioramento di cui abbiamo bisogno è una definizione assolutamente chiara di quali siano le buone pratiche in QA/QC", ha affermato Mark Viant, co-presidente di MERIT e professore di metabolomica presso l'Università di Birmingham, Regno Unito.
“Le nuove persone che entrano nel campo potrebbero dire, ‘Dove sono i documenti di orientamento chiaramente definiti e le descrizioni di come dovremmo effettivamente condurre un rigoroso QA/QC?'”
Un documento che descriva chiaramente le migliori pratiche guiderebbe sia i neofiti della metabolomica e della lipidomica sia i ricercatori affermati.
La conformità alle migliori pratiche QA/QC deve aumentare in tutti i tipi di laboratorio per migliorare la qualità dello studio; tuttavia, i gruppi di ricerca hanno incentivi diversi per conformarsi alle linee guida QA/QC.
Coloro che si concentrano sull'innovazione passano rapidamente da una pubblicazione all'altra e potrebbero avere meno tempo per replicare i propri sforzi, mentre quelli nell'arena normativa hanno già protocolli strutturati e standard di reporting.
“Una delle sfide è come portare avanti la comunità nel suo insieme?
Come li incoraggi?
Come incentivarli a utilizzare QA/QC eD a portarlo nei loro esperimenti?" chiese Viant.
Viant crede che gli scienziati regolatori debbano partecipare allo sforzo di costruire linee guida QA/QC di metabolomica e lipidomica, ed una collaborazione tra mQACC e MERIT colma il divario tra scienza regolatoria e ricerca biomedica.
Il progetto MERIT riunisce esperti dell'industria, agenzie governative, organizzazioni di regolamentazione e università per sviluppare linee guida per la tossicologia normativa.
"Stiamo cercando di portare la metabolomica ed altri strumenti di diagnostica molecolare nell'arena della sicurezza chimica.
Le persone lavorano in questo spazio da 20 anni, ma stiamo cercando di spostarlo verso la scienza della regolamentazione, il che in realtà significa che dovrebbe presentarsi in tribunale", ha affermato Viant.
Il progetto MERIT lavora per sviluppare linee guida per la segnalazione di metabolomica per la tossicologia normativa con l'Organizzazione per la cooperazione e lo sviluppo economico (OCSE).
Viant spera che i miglioramenti nel campo della regolamentazione raggiungano la comunità più ampia.
“Man mano che il fine normativo viene definito meglio, si spera che le informazioni possano essere restituite e rese disponibili alla comunità.
Quindi la comunità meno regolamentata deve essere resa consapevole di ciò e incoraggiata ad accettare e attingere ad alcune di queste migliori pratiche ".
Infine, le misure di QA / QC miglioreranno con più standard di metaboliti e lipidi.
“Non abbiamo i test per identificare un numero estremamente elevato di metaboliti o per quantificare un numero elevato di metaboliti.
Se guardassimo al futuro, avremmo sicuramente migliorato i test per entrambi", ha affermato Viant.
“Non abbiamo nemmeno standard di metaboliti per decine di migliaia di metaboliti e lipidi. Sarà necessario uno sforzo concertato da parte delle società di fornitura di prodotti chimici per tentare di sintetizzare almeno alcuni dei metaboliti mancanti critici».
Dare priorità alla produzione di analiti essenziali per determinati campi, come la tossicologia, la biotecnologia o la medicina clinica, potrebbe essere la risposta per affrontare questa grande sfida.
Da:
https://offers.the-scientist.com/hubfs/downloads/TS/TS_ThermoFisher/TS_PPL_ThermoFisher_CMD_eBook/CSD-ThermoFisherQAQC-ebook_final_(1).pdf?hsCtaTracking=cae4db5a-3073-489e-b07a-9d047a287d6e%7C51ee9228-c45f-4b77-8df1-a289876bf429
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