Alla scoperta dei segreti del microbioma intratumorale / Uncovering the secrets of the intratumoral microbiome

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 Alla scoperta dei segreti del microbioma intratumorale /  Uncovering the secrets of the intratumoral microbiome


Segnalato dal Dott. Giuseppe Cotellessa / Reported by Dr. Giuseppe Cotellessa



Il poster di Alice Martin ( Francis Crick Institute ; Londra, Regno Unito) sulla progressione del cancro al rene le è valso l'AACR 2025 Women in Cancer Research Scholar Award. Il suo lavoro si concentra sul microbioma intratumorale come potenziale nuovo bersaglio per il trattamento del cancro.

Per raccogliere i dati, ha sfruttato il sequenziamento dell'intero genoma ed il sequenziamento in massa dell'RNA per estrarre letture batteriche dai campioni tumorali, sottolineando l'importanza di " un'attenta denoising e decontaminazione " per evitare di interpretare erroneamente il DNA umano come batterico. Dopo aver coltivato colonie batteriche di Cutibacterium dai campioni tumorali per confermare la presenza di batteri vivi, Martin ha utilizzato RNAscope sui tumori dei pazienti per confermare visivamente la presenza di Cutibacterium all'interno del tessuto.

Per mantenere i dati puliti, Martin raccomanda di utilizzare un genoma umano di riferimento in ogni fase e di sequenziare campioni d'acqua sottoposti allo stesso processo per rimuovere i contaminanti di laboratorio più comuni. Suggerisce inoltre di confermare la presenza batterica sia tramite sequenziamento che tramite coltura, e di ottimizzare il rapporto segnale/rumore nella visualizzazione di segnali sparsi utilizzando tessuto fresco congelato per RNAscope.

ENGLISH

Alice Martin‘s (Francis Crick Institute; London, UK) poster on kidney cancer progression earned her the AACR 2025 Women in Cancer Research Scholar Award. Her work focuses on the intratumoral microbiome as a potential new target for cancer treatment.

To gather her data, she leveraged whole-genome sequencing and bulk RNA-seq to extract bacterial reads from tumor samples, and stressed the importance of “careful denoising and decontamination” to avoid misinterpreting human DNA as bacterial. After bacterial colonies of Cutibacterium were cultured from the tumor samples to confirm the presence of live bacteria, Martin utilized RNAscope on patient tumors to visually confirm the presence of Cutibacterium within the tissue.

To keep the data clean, Martin recommends a human reference genome at every step and sequencing water samples that have gone through the same process to remove common lab contaminants. She also suggests confirming bacterial presence through both sequencing and culturing, and optimising your signal–to–noise ratio when visualizing sparse signals by using fresh frozen tissue for RNAscope.

Da:

https://www.biotechniques.com/cancer-research/a-research-revolution-multiomic-and-spatial-techniques-in-cancer-biology/?utm_campaign=BioTechniques%20-%20Daily%20NL&utm_medium=email&_hsenc=p2ANqtz-_D5r6okA7ekdbp3N4_wH5lARdB7_17WXdvgiz1hs6rmbqOxhoD-QDGvRsShcoOG_yVwezgClYwpmNiO3j4VVNlmdhqZOlUt4-nlh5MaqlKrD-G37w&_hsmi=378026687&utm_content=377993162&utm_source=hs_email#1

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