This is to acknowledge that Giuseppe Cotellessa Attended a one-hour webinar and Q&A session entitled "Mapping the epigenome of the neural progenitors in the embryonic mouse forebrain using cell sorting and single cell transcriptomics to characterize interneuron diversity" / Questo per riconoscimento Giuseppe Cotellessa Ha partecipato ad un webinar di un'ora ed ad una sessione di domande e risposte intitolata "Mappatura dell'epigenoma dei progenitori neurali nel cervello anteriore del topo embrionale utilizzando lo smistamento delle cellule e la trascrittomica a singola cellula per caratterizzare la diversità degli interneuroni" /#31/7/2023
This is to acknowledge that
"Mapping the epigenome of the neural progenitors in the embryonic mouse forebrain using cell sorting and single cell transcriptomics to characterize interneuron diversity" /
Questo per riconoscimento
Giuseppe Cotellessa
Ha partecipato ad un webinar di un'ora ed ad una sessione di domande e risposte intitolata
"Mappatura dell'epigenoma dei progenitori neurali nel cervello anteriore del topo embrionale utilizzando lo smistamento delle cellule e la trascrittomica a singola cellula per caratterizzare la diversità degli interneuroni" /#31/7/2023
Key learning objectives
- Understand how to characterize changes in chromatin accessibility at enhancers and promoters that are tightly coupled to transcript abundance during neurodevelopment
- Learn how a single-cell assay for transposase-accessible chromatin with sequencing (scATAC-Seq), in combination with Cut&Tag and Hi-C/Capture-C, can be used to generate an ‘Epigenome Atlas’ of the embryonic mouse brain
- Identify strategies for rapid isolation of single cells or nuclei from embryonic mouse brain with microfluidics-based cell sorting for use in transcriptional profiling of the brain progenitor cells
Mapping the epigenome of the neural progenitors in the embryonic mouse forebrain using cell sorting and single cell transcriptomics to characterize interneuron diversity
The epigenetic landscape is continually changing during cell proliferation and differentiation throughout development. A common theme emerging from genome-wide association studies (GWAS) is that polymorphisms linked to various diseases are enriched in non-coding regions in the genomes, such as enhancers. Many genes associated with neurological and psychiatric diseases are expressed during embryonic development, and particularly in GABAergic inhibitory interneurons. A comprehensive characterization of epigenomic organization in the embryonic mouse forebrain will enhance our understanding of normal development and provide insight into mechanisms of neurological disease.
In this webinar, Dr Timothy Petros from the NIH, will discuss his research on how intrinsic genetic programs and environmental signals interact to generate interneuron diversity. His group uses the SH800 Cell Sorter to enrich cells and nuclei suspensions from brain dissections. The Petros Lab has performed single-cell chromatin accessibility (snATAC-seq) and transcriptome (scRNA-seq) profiles from four regions of the embryonic mouse forebrain (MGE, LGE, CGE, and cortex) that give rise to distinct neuronal subtypes.
Using this approach, they identified thousands of differentially accessible peaks, many restricted to distinct progenitor cell types and/or brain regions. This dataset defines a ‘ground truth’ epigenomic landscape and reveals a diverse chromatin landscape. The data can be used to explore how perturbation of gene regulation in GABAergic inhibitory interneuron progenitors affects gene expression, chromatin organization, and, ultimately, cell fate.
ITALIANO
Principali obiettivi di apprendimento
Comprendere come caratterizzare i cambiamenti nell'accessibilità della cromatina a potenziatori e promotori che sono strettamente accoppiati all'abbondanza di trascrizione durante il neurosviluppo
Scopri come un test a singola cellula per la cromatina accessibile alla trasposasi con sequenziamento (scATAC-Seq), in combinazione con Cut&Tag e Hi-C/Capture-C, può essere utilizzato per generare un "Epigenome Atlas" del cervello embrionale del topo
Identificare le strategie per il rapido isolamento di singole cellule o nuclei dal cervello di topo embrionale con l'ordinamento delle cellule basato sulla microfluidica per l'uso nella profilazione trascrizionale delle cellule progenitrici del cervello
Informazione
Mappatura dell'epigenoma dei progenitori neurali nel cervello anteriore del topo embrionale utilizzando lo smistamento delle cellule e la trascrittomica a singola cellula per caratterizzare la diversità degli interneuroni
Il panorama epigenetico cambia continuamente durante la proliferazione cellulare e la differenziazione durante lo sviluppo. Un tema comune che emerge dagli studi di associazione su tutto il genoma (GWAS) è che i polimorfismi legati a varie malattie sono arricchiti in regioni non codificanti nei genomi, come gli esaltatori. Molti geni associati a malattie neurologiche e psichiatriche sono espressi durante lo sviluppo embrionale, ed in particolare negli interneuroni GABAergici inibitori. Una caratterizzazione completa dell'organizzazione epigenomica nel cervello anteriore del topo embrionale migliorerà la nostra comprensione del normale sviluppo e fornirà informazioni sui meccanismi della malattia neurologica.
In questo webinar, il dottor Timothy Petros del NIH, discuterà della sua ricerca su come i programmi genetici intrinseci ed i segnali ambientali interagiscono per generare la diversità degli interneuroni. Il suo gruppo utilizza lo SH800 Cell Sorter per arricchire cellule e sospensioni di nuclei da dissezioni cerebrali. Il Petros Lab ha eseguito profili di accessibilità della cromatina a singola cellula (snATAC-seq) e trascrittoma (scRNA-seq) da quattro regioni del cervello anteriore del topo embrionale (MGE, LGE, CGE e corteccia) che danno origine a distinti sottotipi neuronali.
Usando questo approccio, hanno identificato migliaia di picchi accessibili in modo differenziato, molti limitati a distinti tipi di cellule progenitrici e/o regioni cerebrali. Questo set di dati definisce un panorama epigenomico di "verità fondamentale" e rivela un diverso panorama della cromatina. I dati possono essere utilizzati per esplorare come la perturbazione della regolazione genica nei progenitori degli interneuroni inibitori GABAergici influenzi l'espressione genica, l'organizzazione della cromatina e, in definitiva, il destino cellulare.
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