Uno studio sulla longevità familiare sceglie il sequenziamento PacBio HiFi per svelare gli indizi di una longevità eccezionale / Long Life Family Study Chooses PacBio HiFi Sequencing to Unlock Clues to Exceptional Longevity

Uno studio sulla longevità familiare sceglie il sequenziamento PacBio HiFi per svelare gli indizi di una longevità eccezionale / Long Life Family Study Chooses PacBio HiFi Sequencing to Unlock Clues to Exceptional Longevity

Segnalato dal Dott. Giuseppe Cotellessa / Reported by Dr. Giuseppe Cotellessa

Una rete intricata di tempo e genomica. Il National Institute on Aging ha recentemente rinnovato il progetto Long Life Family Study per 80 milioni di dollari in cinque anni, per portare a termine questo progetto di sequenziamento e reclutare nuove famiglie. / A tangled web of time and genomics. The National Institute on Aging recently renewed the Long Life Family Study project for $80 million dollars over five years to perform this sequencing effort as well as recruit new families.

Il Long Life Family Study (LLFS) del National Institute on Aging ha selezionato la tecnologia PacBio per generare dati genomici ed epigenomici da ben 7.800 partecipanti. L'iniziativa si baserà sui sistemi Revio di PacBio per acquisire dati di sequenziamento HiFi a lettura lunga, progettati per far luce sulle ragioni per cui la longevità è ereditaria e sui fattori che determinano un invecchiamento più sano.

"Il sequenziamento HiFi a lettura lunga ci offre l'accuratezza e la risoluzione necessarie per individuare varianti e modelli di metilazione non rilevati da altre tecnologie", ha affermato Michael Province, PhD, professore presso la Washington University School of Medicine di St. Louis e ricercatore principale del progetto. "Generando genomi ed epigenomi completi da pedigree estesi con diversi membri della famiglia che raggiungono età eccezionali nella LLFS, prevediamo di affinare la nostra capacità di individuare i percorsi che influenzano l'invecchiamento sano e la longevità eccezionale".

Il Long Life Family Study è uno studio multicentrico longitudinale incentrato sull'identificazione di una serie di fattori che contribuiscono all'invecchiamento sano ed alla sopravvivenza. Questa collaborazione segna un aggiornamento di nuova generazione delle risorse genomiche esistenti del LLFS.

Ad oggi, lo studio ha arruolato 5.438 individui in 539 pedigree di tre generazioni negli Stati Uniti ed in Danimarca e ha condotto tre importanti cicli di visite fenotipiche domiciliari che coprono un periodo di quasi 20 anni. La tecnologia HiFi di PacBio per letture lunghe fornisce letture di lunghezza superiore a 15 kb, consentendo il rilevamento di varianti strutturali, espansioni ripetute, inserzioni ed aplotipi in fase spesso non rilevati da letture brevi.

I suoi protocolli basati sulla metilazione consentono anche la profilazione diretta delle firme della 5-metilcitosina nel DNA nativo, secondo un portavoce dell'azienda, che aggiunge che applicando questo approccio a migliaia di campioni LLFS profondamente fenotipizzati, il progetto mira a:

• Identificare varianti strutturali rare che si segregano con fenotipi di longevità
• Collegare le differenze di metilazione alla regolazione genica, ai percorsi di invecchiamento od alla resistenza alle malattie
• Integrare i risultati con i dati fenotipici e clinici per generare nuove ipotesi per un invecchiamento sano

"LLFS è uno degli studi sull'invecchiamento più ambiziosi mai intrapresi ed uno dei primi ad applicare il sequenziamento di lunghe letture e dell'epigenoma su larga scala", ha affermato David Miller, vicepresidente del marketing globale di PacBio. "Siamo orgogliosi di supportare questa ricerca con il nostro sistema Revio, che offre la produttività, l'efficienza dei costi e la qualità necessarie per consentire lo sviluppo di solide conoscenze genomiche".

Una maggiore comprensione dei fondamenti genetici ed epigenetici della longevità eccezionale potrebbe aprire le porte alla geroscienza di precisione, alle terapie anti-invecchiamento ed a nuovi biomarcatori di resilienza. Il progetto LLFS è stato recentemente rinnovato dal National Institute on Aging per 80 milioni di dollari in cinque anni per realizzare questo progetto di sequenziamento e reclutare nuove famiglie.

PacBio e LLFS prevedono di iniziare il sequenziamento nel quarto trimestre del 2025 presso il McDonnell Genome Institute presso la WashU Medicine, con una tranche iniziale di circa 5.500 campioni e il programma completo di circa 7.800 campioni nell'arco di cinque anni.

ENGLISH

The National Institute on Aging’s Long Life Family Study (LLFS) selected PacBio technology to generate genomic and epigenomic data from as many as 7,800 participants. The effort will rely on PacBio’s Revio systems to capture HiFi long-read sequencing data designed to shed light on why longevity runs in families and what drives healthier aging.

“Long-read HiFi sequencing gives us the accuracy and resolution to see variants and methylation patterns missed by other technologies,” said Michael Province, PhD, professor at Washington University School of Medicine in St. Louis and principal investigator of the project. “By generating comprehensive genomes and epigenomes from extended pedigrees with multiple family members living to exceptional ages in LLFS, we expect to sharpen our ability to pinpoint pathways that influence healthy aging and exceptional longevity.”

The Long Life Family Study is a longitudinal multicenter study focused on identifying a range of factors that contribute to healthy aging and survival. This collaboration marks a next-generation upgrade to LLFS’s existing genomic resources.

To date, the study has enrolled 5,438 individuals across 539 three-generational pedigrees in the U.S. and Denmark and conducted three major rounds of in-home phenotypic visits spanning a period of nearly 20 years. PacBio’s HiFi long-read technology reportedly delivers reads exceeding 15kb, enabling detection of structural variants, repeat expansions, insertions, and phased haplotypes often missed by short reads.

Its methylation-aware protocols also permit direct profiling of 5-methylcytosine signatures in native DNA, according to a company spokesperson, who adds that by applying this approach across thousands of deeply phenotyped LLFS samples, the project aims to:

• Identify rare structural variants segregating with longevity phenotypes
• Link methylation differences to gene regulation, aging trajectories, or disease resistance
• Integrate findings with phenotypic and clinical data to generate new hypotheses for healthy aging

“LLFS is one of the most ambitious aging studies ever undertaken, and one of the first to apply long-read and epigenome sequencing at scale,” said David Miller, vice president of global marketing at PacBio. “We’re proud to support this research with our Revio system, delivering the throughput, cost efficiency, and quality needed to make it possible to develop robust genomic insights.”

Further understanding of the genetic and epigenetic foundations of exceptional longevity may open doors to precision geroscience, anti-aging therapeutics, and new biomarkers of resilience. The LLFS project was recently renewed by the National Institute on Aging for $80 million dollars over five years to perform this sequencing effort as well as recruit new families.

PacBio and LLFS expect to begin sequencing in Q4 2025 at the McDonnell Genome Institute at WashU Medicine, with an initial tranche of ~5,500 samples, and the full ~7,800- sample program spanning five years.

Da:

https://www.genengnews.com/topics/omics/long-life-family-study-chooses-pacbio-hifi-sequencing-to-unlock-clues-to-exceptional-longevity/?_hsenc=p2ANqtz--6GAOI7r5BvIajWAwayUoYVWmAaTqNPIWxS0gpAptJ0DMgOiB06YOCQi2NMD0CTHH24v34tM4HPa_7m0PLLRtvkJ0ZoWLDbcD2ya5eGCAkVQVQ3w0&_hsmi=385066623